La ruta del tren abarca regiones que son consideradas grandes hábitats de biodiversidad, y constituyen los territorios de vida de las comunidades mayas que las han habitado desde tiempos ancestrales, y que hoy mantienen sus prácticas tradicionales en armonía con la Naturaleza. Su construcción preocupa, dado que para abrirle paso, se sacrificarán más de 2 mil 500 hectáreas de selvas húmedas y secas, que representarían casi 9 millones de árboles.

Afectará además a cavidades subterráneas como cenotes, cuevas y ríos subterráneos, dado que transitará por encima de estos ecosistemas únicos que resguardan especies endémicas.

La pérdida de la biodiversidad a raíz del deterioro y modificación de los hábitats que genera esta construcción afectaría a muchas especies en peligro, como el jaguar.

Otros efectos colaterales que implica esta transformación de ecosistemas son la contaminación acústica, los incendios, la afectación de reservas de agua  y de gestión de residuos, daño a la fauna, contaminación de la selva y fragmentación de ecosistemas, entre otros. 

– la región alberga el 33 por ciento del agua dulce de todo el territorio mexicano –

El territorio maya, que es producto de la interacción milenaria entre el pueblo maya y el hábitat con el que conviven, sufriría transformaciones irreversibles en sus componentes social y ambiental, y esto representaría una pérdida irreparable de la diversidad biocultural que caracteriza la región sureste del país. Esta zona tiene además una importante interrelación con la Amazonía, con la que forma un corredor de gran riqueza natural, amenazado por megaproyectos como el del Tren Maya.

Este inició sin que existieran manifestaciones de impacto ambiental. Su realización y aprobación ha tenido graves irregularidades, como la omisión de realizar una evaluación ambiental estratégica que considere los impactos acumulativos del proyecto en su conjunto. Tampoco se ha respetado el derecho a la participación y decisión de las comunidades mayas cuyo territorio se verá impactado, afectando su derecho a la Libre Determinación.